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所以，可以确定的说，学术查重不包括格式正确的参考文献。但是近来导致许多博士生硕士生的论文参考文献标红的景况，这最主要有2个事由，首先是这种朋友的论文参考文献的格式不准确，格式不准确的论文参考文献，学术论文检测系统是不能够甄别的，只可以作为论文正文进行查重，有一件事由是这种博士生硕士生采用的学术论文检测系统并不权威的，只有权威的学术论文检测系统是具有论文格式甄别功能的，导致论文参考文献标红的博士生硕士生需要确定自己的论文格式是否正确，采用的学术论文检测系统是否权威。
综上，学术查重并不包括参考文献，学术查重一般来说只对论文的摘录部分、外语摘录部分、正文部分及附录部分进行查重，而参考文献并不会在学术查重范畴之内。所以，论文撰写者大可不必忧心因需要罗列很多参考文献在论文当中。
但是，唯有权威的学术才会甄别参考文献，况且其有一个前置性要求就是参考文献格式正确，这也正说明论文撰写者该当到学术不端网的“学术查重入口”等权威的学术查重网站进行查重，且要按照要求编写参考文献，保障学术可以甄别。